MAP được công nhận là một tác nhân gây bệnh đa vi khuẩn có khả năng khởi đầu và duy trì nhiễm trùng toàn thân và viêm mãn tính trong ruột của nhiều loại mô bệnh học ở nhiều loài động vật, bao gồm cả động vật linh trưởng.[7]MAP đã được tìm thấy với số lượng lớn hơn trong ruột của bệnh nhân bệnh Crohn [8] và số lượng đáng kể bệnh nhân bị hội chứng ruột kích thích [9] so với những người bị viêm loét đại tràng hoặc kiểm soát sức khỏe khác. Một nghiên cứu kết luận rằng MAP "có thể hoạt động như một tác nhân gây bệnh, có vai trò trong bối cảnh nhiễm trùng thứ phát, có thể làm trầm trọng thêm bệnh, hoặc đại diện cho sự xâm nhập không gây bệnh." [5]